L'Area Marina Naturale Protetta delle Cinque Terre, prospicente i cinque paesi, è racchiusa tra ponente e levante dal Promontorio di Punta Mesco e il Capo di Montenero. Istituita nel 1997, comprende quattro comuni,Riomaggiore, Vernazza, Monterosso al Mare, Levanto.
Lo scopo dell’area marina protetta è conservarne la biodiversità e gli habitat del mare dei cinque borghi. La costa delle Cinque Terre è caratterizzata da pareti rocciose, secche e scogli isolati, popolate da innumerevoli gorgonie e dalla Posidonia oceanica, pianta che forma fitte praterie, luogo di rifugio e riproduzione per molti organismi. I fondali degradano con rapidità e sono rocciosi vicino alla linea di costa e sabbiosi a profondità maggiori. Tra le gorgonie pricca l’Eunicella verrucosa, una gorgonia bianca rara nel Mediterraneo e diffusa nell'Oceano Atlantico. I fondali rocciosi ripidi di Punto Mesco e Capo Montenegro sono anche ricchi di coralli, compreso il rarissimo corallo nero.
Le Cinque Terre sono anche casa di balene e delfini e le sue acque sono inserite nel Santuario dei Cetacei, un'area protetta internazionale di prossima istituzione.
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