Sul colle di San Cristoforo, che divide la parte vecchia di Monterosso da quella nuova di Fegina, sorgono il convento dei Cappuccini e la chiesa di San Francesco. Il complesso si raggiunge da entrambe le parti attraverso una scalinata che si unisce nei pressi della statua di San Francesco davanti alla Torre Aurora e la vista delle Cinque Terre. Eretto a partire dal 1619, la posa della prima pietra fu l'8 ottobre, grazie all'aiuto del nobile genovese Gian Fabio Squarciafico, poi diventato padre Francesco M. da Genova, la costruzione durò cinque anni. Dopo i primi due secoli molto tranquilli, con l'arrivo di Napoleone, i frati vengono cacciati nel 1810 con la soppressione degli ordini, diventando in diversi anni sede di guarnigione, lazzaretto e magazzino. Nel 1894 Don Giuseppe Policardi, sacerdote del luogo, comprò la struttura, la restaurò e la donò ai Cappuccini.
Nel 1945, alla fine della seconda guerra mondiale, il complesso viene pesantemente danneggiato. Per il Giubileo del 2000 avvenne l’ultima ristrutturazione, dal 2006 la chiesa di San Francesco è di nuovo visitabile.
La chiesa dedicata a San Francesco è molto suggestiva, ad un’unica navata circondata da altari in legno. All’interno si conserva una tela rappresentate la Crocifissione, attribuita a Van Dick, un Martirio dei Santi Cappuccini in controfacciata del XVIII secolo, un San Girolamo penitente del Cambiaso, una Madonna degli Angeli del 1896 di Oldoino Multedo e una tela di Giuseppe Palmieri rappresentante l'Immacolata con i Santi Fedele e Felice.
Sulla destra della chiesa si entra nel suggestivo cimitero, posto dove sorgeva il castello Doria, dove, nella cappella di San Cristoforo, si trova un dipinto seicentesco raffigurante San Cristoforo che trasporta il Bambino Gesù sulle sue spalle. Sullo sfondo si può ammirare un'antica veduta del borgo vecchio.